GIGABYTE 9시리즈 메인보드는 새로운 방열판 디자인을 채용하여, 전원관리장치 및 칩셋 등 메인보드의 주요 컴포넌트의 방열 성능을 최대화하고 있다. 또한 GIGABYTE 9시리즈 메인보드는 전원 공급부의 방열 성능을 특화해서 PC가 극도의 고부하 상태에 있거나 익스트림한 주파수 운영 중인 상태에 있어도 저온 및 고성능 및 안전성을 유지할 수 있게 해준다.

현재, 수많은 업체에서 출시한 수냉식 장치는 CPU의 온도변화를 감지하는 팬 커넥터가 장착되어 워터 펌프 및 방열팬의 순환 방열 성능을 최적화한다. GIGABYTE 9시리즈 메인보드에는 CPU OPT팬 커넥터가 각각 별도로 내장되어 있어서 워터 펌프가 필요로 하는 전력을 공급하는데 사용할 수 있으며 회전 속도를 설정하여 CPU의 온도 변화에 따라 회전 속도가 바뀌므로 작동 성능에 영향을 주지 않는다. OPT  팬 커넥터는 고급 듀얼 방열팬을 설치하는 데에도 매우 유용하다. CPU 팬커넥터와 함께 사용하도록 탑재되어CPU의 온도에 따라 팬의 회전 속도를 정확하게 콘트롤할 수 있어서 방열 효과가 훨씬 개선되었다.